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ATAC-Seq試劑盒
在全基因組范圍內(nèi)分析開放的染色質(zhì)區(qū)域。
ATAC-Seq試劑盒總覽
ATAC-Seq是一種快速檢測方法,可通過識別具有開放或可及狀態(tài)的染色質(zhì)區(qū)域來分析整個(gè)基因組的表觀遺傳概況。ATAC-Seq方法快速,簡便,適用于廣泛的樣品類型,已成為常用的表觀遺傳學(xué)分析方法,并且可以作為更深入的表觀遺傳學(xué)分析的基礎(chǔ)。
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在ATAC-Seq實(shí)驗(yàn)中,用高活性的突變Tn5轉(zhuǎn)座酶處理來自細(xì)胞或組織樣品的完整細(xì)胞核。該轉(zhuǎn)座酶把DNA片段化的同時(shí)用測序接頭標(biāo)記靶DNA。
Active Motif的ATAC-Seq試劑盒提供了與Illumina®平臺兼容的ATAC-Seq文庫制備試劑,可以從20 – 30 mg組織或50,000 – 100,000個(gè)細(xì)胞中生成16種不同的ATAC-Seq文庫。經(jīng)過優(yōu)化的方案將指導(dǎo)您完成樣品制備、DNA片段標(biāo)記和文庫構(gòu)建的步驟,構(gòu)建可在單個(gè)測序反應(yīng)中進(jìn)行多重測序的文庫。
ATAC-Seq試劑盒亮點(diǎn)
顯示開放染色質(zhì)區(qū)域的基因組序列
僅需數(shù)小時(shí)即可完成NGS文庫制備
簡單,快速的實(shí)驗(yàn)步驟與優(yōu)化的試劑
ATAC-Seq試劑盒數(shù)據(jù)
ATAC-Seq試劑盒包含進(jìn)行16個(gè)ATAC-Seq反應(yīng)所需的試劑和酶。這些試劑盒組分經(jīng)過優(yōu)化,可以高效工作,經(jīng)驗(yàn)證可以生成高質(zhì)量的ATAC-Seq數(shù)據(jù)。
揭示啟動子處染色質(zhì)的開放位置
具有轉(zhuǎn)錄活性的基因,其啟動子處的染色質(zhì)通常是開放的或可及的。ATAC-Seq分析會在這些位置產(chǎn)生峰,揭示正在研究的樣品中開放的染色質(zhì)區(qū)域。
圖1:ATAC-Seq試劑盒實(shí)驗(yàn)結(jié)果展示在基因組瀏覽器中。ATAC-Seq試劑盒用于評估小鼠腦組織樣品的全基因組開放染色質(zhì)狀態(tài)。此處顯示的基因組瀏覽器軌跡位于FOXP3基因位置,該基因編碼有絲分裂后神經(jīng)元的生物標(biāo)記物。峰表明在FOXP3基因的啟動子上有開放的染色質(zhì)。
試劑盒實(shí)驗(yàn)結(jié)果與已發(fā)表數(shù)據(jù)高度相關(guān)
Active Motif的ATAC-Seq試劑盒可生成高質(zhì)量數(shù)據(jù)。使用ATAC-Seq試劑盒產(chǎn)生的ATAC-Seq數(shù)據(jù)與已發(fā)表的ATAC-Seq數(shù)據(jù)具有很好的相關(guān)性,這突出說明了該檢測方法的可靠性和可重復(fù)性。
ATAC-Seq試劑盒組分
ATAC-Seq試劑盒包含兩盒組分,其中-20°C保存的一盒組分干冰運(yùn)輸,4°C保存的另一盒組分室溫運(yùn)輸。使用后,請根據(jù)說明書中的存放條件保存。妥善保管的試劑自收貨之日起可穩(wěn)定保存6個(gè)月。
試劑包括
ATAC Lysis Buffer, store at RT
Assembled Transposomes, store at -20°C
2X Tagmentation Buffer, store at -20°C
1X PBS, store at -20°C or RT
10X PBS, store at RT
10% Tween 20, store at RT
0.5% Digitonin, store at RT
DNA Purification Columns, store at RT
DNA Purification Binding Buffer, store at RT
DNA Purification Wash Buffer, store at RT
DNA Purification Elution Buffer, store at RT
3 M Sodium Acetate, store at RT
10 mM dNTPs, store at -20°C
5X Q5 Buffer, store at -20°C
Q5 High-Fidelity DNA Polymerase, store at -20°C
i7 Indexed Primer 1, store at -20°C
i7 Indexed Primer 2, store at -20°C
i7 Indexed Primer 3, store at -20°C
i7 Indexed Primer 4, store at -20°C
i5 Indexed Primer 1, store at -20°C
i5 Indexed Primer 2, store at -20°C
i5 Indexed Primer 3, store at -20°C
i5 Indexed Primer 4, store at -20°C
SPRI Beads, store at 4°C
單細(xì)胞ATAC-Seq(scATAC-Seq)技術(shù)服務(wù)
單細(xì)胞水平識別染色質(zhì)開放區(qū)域一站式技術(shù)服務(wù)
scATAC-Seq 簡介
單細(xì)胞ATAC-Seq(scATAC)基于轉(zhuǎn)座酶介導(dǎo)的測序引物插入開放的染色質(zhì)區(qū)域。像普通的ATAC-Seq一樣,該測定法提供了染色質(zhì)開放和可及區(qū)域的輪廓,這些輪廓指示了單細(xì)胞分辨率下的活躍調(diào)控區(qū)域。
我們的scATAC-Seq服務(wù)可以同時(shí)檢測數(shù)千個(gè)細(xì)胞的全基因組染色質(zhì)可及性,從而可以檢測異種群體中的細(xì)胞亞群,這種細(xì)胞亞群的信息會在普通ATAC-Seq中丟失。
了解更多關(guān)于ATAC-Seq的信息
使用scATAC-Seq有什么優(yōu)勢?
scATAC-Seq可用于鑒定復(fù)雜樣品中具有不同染色質(zhì)可及性譜的細(xì)胞亞群,從而無需諸如FACS或磁珠分選等分離策略,這些策略可能會由于樣品處理而改變細(xì)胞生物學(xué)特性。例如:
識別腫瘤樣本中的癌癥干細(xì)胞或浸潤性巨噬細(xì)胞
識別負(fù)責(zé)藥物治療反應(yīng)的新型細(xì)胞亞群(如:反應(yīng)者vs.耐藥細(xì)胞)
鑒定染色質(zhì)可及性變化的細(xì)胞亞群,可以洞察發(fā)育軌跡(如:大腦發(fā)育,輔助T細(xì)胞發(fā)育,B細(xì)胞分化)
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組蛋白和組蛋白修飾抗體
用于檢測組蛋白和修飾組蛋白的抗體
由于組蛋白對基因組DNA的組織關(guān)重要,因此組蛋白的翻譯后修飾是基因組功能的重要調(diào)節(jié)劑。組蛋白修飾參與轉(zhuǎn)錄的調(diào)控,并在維持活性和非活性染色質(zhì)的離散區(qū)域中起作用。Active Motif正在為所有廣泛研究的和生物學(xué)相關(guān)的修飾位點(diǎn)開發(fā)一組抗體。我們嚴(yán)格篩選所有抗體的特異性,并進(jìn)行測試以驗(yàn)證它們在哪些應(yīng)用中效果良好,例如染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP),蛋白質(zhì)印跡和免疫熒光。
下表中的抗體針對組蛋白或修飾的組蛋白。單擊抗體名稱以查看其完整信息。要使用各種特定的搜索條件查找要尋找的抗體,請使用“搜索”框和/或在左欄中應(yīng)用各種“過濾器”?;蛘?,您可以通過從右上角的“可用產(chǎn)品”下的列表中選擇,查看按不同組查看的抗體。